Neben der Futterbeschaffung ist auch die Entsorgung zu bedenken.
Nicht nur der Mist, sondern auch schlecht gewordene Futterreste müssen sachgerecht entsorgt werden.

Früher wurde der Stallmist auf den Misthaufen gebracht und vor dort aus auf die Felder oder Wiesen gefahren. Die Viehweiden wurden im Frühjahr abgeschleppt, die Mistreste dadurch als Dünger verteilt.
Heute weiß man, dass Pferdemist Wurmeier enthält und nicht auf Pferdewiesen gehört. Von einem Abschleppen der Wiesen ist grundsätzlich abzuraten. Vielmehr sollte möglichst täglich der Mist eingesammelt werden, um eine immer wiederkehrende Verwurmung der Pferde zu verhindern.
Viele Wurmarten werden auch im Verdauungstrakt eines Wiederkäuers vernichtet. Eine Mischbeweigung mit Schafen oder Rindern dient daher der Eingrenzung der Infektionsgefahr mit Würmern. Je weniger Mist und je weniger lang der Mist auf den Wiesen liegen bleibt, umso geringer die Gefahr einer Verteilung der Wurmeier.
Feuchte Wiesen sind besonders gefährdet, eine Verwurmung zu verursachen, weil in ihnen die Zwischenwirte der Würmer leben (Moosmilben, Schnecken).

Eine Lagerung auf dem Misthaufen hat die sogenannte Heißrotte zur Folge. Der Mist erwärmt sich durch die Aktivität der Mikroorganismen stark. Dabei entsteht jedoch auch eine relativ große Geruchsbelästigung und der Mist zieht viele Fliegen an. Der Mist muss in seinem ganzen Volumen regelmäßig entsorgt werden. Er fällt kaum zusammen, da abbauende Organismen nicht darin leben können.
Die heutigen Umweltgesetzte verlangen eine dichte Betonwanne für den Misthaufen. Es dürfen keine Sickerwässer austreten und das Grundwasser verunreinigen. Nur zu bestimmten Zeiten kann die Mistgrube sinnvoll auf die Felder ausgebracht werden. Nur wenn Pflanzen in der Wachstumsphase sind, können sie die Nährstoffe aus dem Mist aufnehmen. Ansonsten werden sie auf der Fläche ausgewaschen und verunreinigen das Grundwasser.
Viele Landwirte wollen Mist mit Holzspänen nicht abholen, weil sie Angst vor einer Veränderung des Bodenlebens haben. Dies ist wissenschaftlich nicht erwiesen, wird in der Regel aber so gehandhabt.

Mist aus reinem Weizenstroh kann in manchen Regionen an Champignonzuchten abgegeben werden.

Die Kompostierung ist eine umweltfreundliche und kostengünstige Lösung des Entsorgungsproblems. Wenn nur beschränkt Platz zur Verfügung steht, muss der täglich aufgefahrene Kompost regelmäßig umgesetzt werden. Das kann bei größeren Mengen mit Maschinen, in der kleinen privaten Pferdehaltung jedoch eher mit der Hand geschehen. Bei dieser Methode ist man nicht auf eine Abholung des Mistes durch einen Landwirt angewiesen, die Reste des durch die Kompostierung wesentlich reduzierten Mistberges können auf dem eigenen Grundstück, auch auf den eigenen Weiden als Dünger genutzt werden. Für eine Ausbringung des Kompostes auf die Pferdeweiden sollte er aber mindestens ein Jahr abgelagert und gut umgesetzt sein. Ob noch Wurmeier enthalten sind, kann mit einer Probe getestet werden.
Die Kunst, einen Kompost aus Pferdemist zu pflegen, will gelernt sein. Abhängig vom Einstreumaterial und  dem zur Verfügung stehenden Platz kann das ein aufwendiges, kräftezehrendes Verfahren sein.
Wenn keine intakte und genehmigte Mistgrube mehr vorhanden, die Abholung per Container zu kostspielig ist, bleibt jedoch nur die Kompostierung des Mistes.
Ohne Kompostierung oder Nachweis einer ordnungsgemäßen Mistentsorgung keine Pferdehaltung.

In der Praxis haben sich Holzspäne als Einstreu bewährt. Auch wenn sie theoretisch etwas länger brauchen, bis sie vollständig verrottet sind, ist der Kompost doch schneller umgesetzt als ein Kompost aus festgetretenem Strohmist. Einen solchen Kompost von Hand umzusetzen ist fast unmöglich. Die kompakten Strohschichten lassen wenig Angriffsfläche für Mikroorganismen und vergehen daher sehr langsam, sind sehr schwer mit der Mistgabel zu bewältigen und brauchen sehr lange zur Verrottung. Außerdem nehmen sie Regenwasser kaum auf, das dann abläuft und versickert.
Ein Kompost mit Holzspänen nimmt die Feuchtigkeit aus Regen und Schnee weitgehend auf und stellt sie den Mikroorganismen und Würmern zur Verfügung.
Im Sommer empfiehlt sich eine Bepflanzung mit Kürbissen zur Beschattung. Allerdings muss dann regelmäßig Bewässert werden, sonst arbeiten weder Würmer noch wachsen Kürbisse.